La marine de guerre péruvienne fut créée le par le gouvernement du général José de San Martín. Elle fut engagée pour la première fois dans la guerre d’indépendance du Pérou (1821-1824) et fut formée à partir des navires de guerre de la marine espagnole capturés.
Quatre ans plus tard, elle participe à la guerre contre la Grande Colombie (1828-1829) pour faire le blocus du port de Guayaquil. Cette opération, qui devient un succès péruvien, favorise le débarquement des troupes péruviennes, lesquelles parviennent à occuper un point stratégique de la Grande Colombie.
Avant le début la guerre du Pacifique (1879-1884), la marine péruvienne n’avait pas eu le temps de se moderniser et ses forces restaient donc inférieures en nombre par rapport à la puissante flotte chilienne. En dépit des difficultés, le commandant de la marine péruvienne, l’amiralMiguel Grau, à bord de son monitorHuáscar, parvient à couler La Esmeralda, un vieux mais emblématique navire de la marine chilienne. Pendant six mois, le capitaine du Huáscar maintient sous pression la marine chilienne, mais il est défait par la flotte chilienne à la bataille décisive d’Angamos.
Après la défaite de 1883, la marine connaît une période difficile de restauration qui dure quinze ans. Ce n’est qu’à partir de 1907 que le Pérou reprend la reconstruction de sa flotte avec l’achat de deux croiseurs protégés britanniques, « Almirante Grau » et « Colonel Bolognesi », et deux sous-marins français « Ferré » et « Palacios ».
Au cours du XXe siècle, des conflits territoriaux qui éclatent entre le Pérou et la Colombie en 1911 et 1932, et puis entre le Pérou et l’Équateur en 1941, entraînent l’intervention de la flotte péruvienne pour appuyer les efforts de l’armée de terre.
Vers la fin des années 1970, le Pérou entreprend un programme de modernisation de sa flotte, lequel lui permet temporairement de rattraper son retard et d’atteindre une supériorité navale face à son ancienne rivale, la marine du Chili. Avec la crise économique du milieu des années 1980, plusieurs navires de guerre sont démantelés dû à une réduction des fonds pour l’entretien des bâtiments.
La croissance économique des années 1990-2000 a permis en partie la modernisation de la flotte péruvienne, mais à une échelle réduite par rapport aux années 1980.
Dans les années 2020, la Corée du Sud devient un très important acteur de la renouvellement de la flotte. En mars 2024, un accord de 463 m$ est signé entre Hyundai Heavy Industries et les Services industriels de la Marine, la plus importante commande jamais passée par un pays sud-américain à l’industrie de défense sud-coréenne, pour la construction d’une frégate modèle HDF-3200 de 3 400 tonnes, d’un patrouilleur hauturier de 2200 tonnes, de deux navires de débarquement de 1 400 tonnes, ainsi que quatre navires de guerre des mines. Un autre accord est signé le 16 novembre 2024 entre HHI et SIMA pour développer un modèle de sous-marin spécifiquement conçu pour la Marine péruvienne[3].