Avant ses débuts dans le divertissement, Akimoto commence très jeune à travailler dans un club de cuisson au collège, avec une camarade Nanami Nishikawa (ex-membre stagiaire d'AKB48 et future membre stagiaire de Nogizaka46). Sa spécialité étant la cuisine, elle rêvait autrefois de devenir un Chef Pâtissier. Akimoto intègre à 15 ans le lycée et travaille dans la même école que Nanami Nishikawa et Risako Yada (cette dernière également future membre stagiaire de Nogizaka46). Toutes les trois travaillent ensemble dans un club de calligraphie à leur lycée.
En 2011, les auditions pour un nouveau groupe sont annoncés et débutent en juin et se terminent le week-end du 20 et 21 août où 56 finalistes se sont affrontées pour 36 places. Manatsu Akimoto s'était inscrite pour auditionner parmi 38 934 personnes au total. Lors des auditions, Akimoto interprète une chanson Oh My Darlin du groupe Nakanomori Band. Elle est choisie avec de nombreuses jeunes filles pour intégrer et former la 1re génération du groupe de Nogizaka46, fondé par le producteur Yasushi Akimoto (aucun lien familial), désormais désigné comme rival officiel du célèbre groupe AKB48 du même producteur.
Mais avant les débuts réels du groupe, Akimoto suspend ses activités avec le groupe pendant un an de septembre 2011 à octobre 2012 pour des raisons académiques ; elle ne débute avec le groupe que sur son 4e single Seifuku no Mannequin qui sort en [1].