Il répond à de nombreuses commandes privées, dans sa région natale au départ puis un peu partout en France, ainsi que des commandes publiques : écoles, piscines, immeubles HBM. Il est particulièrement actif lors de l'exposition universelle de 1900. Il devient par ailleurs architecte-conseil de la Compagnie des chemins de fer du PLM à partir de 1920.
L'essentiel de sa carrière est marquée par son passage au poste d'architecte de la ville de Paris : il est nommé architecte-voyer dès 1884, avant même l'obtention de son diplôme. Il devient directeur du service de l'architecture et des plantations en 1910. Il est nommé par l'État Architecte des bâtiments civils et palais nationaux chargé du Palais de l'Élysée. En 1902, il est chargé de la rédaction du nouveau règlement d'urbanisme de la ville de Paris. Il dessine le premier plan d'extension de la ville en 1912 et fonde l'École supérieure d'art publique où il enseigne, qui devient, en 1925, l'Institut d'urbanisme de Paris.
Au cours de sa vie, il fréquente des artistes comme Claude Monet ou Théo van Rysselberghe, André Gide, l'écrivain dont il construit la maison ou encore le géographe anarchiste Élisée Reclus pour qui il dessine un projet de globe terrestre[2].
Il était marié avec Isabelle Deconchy, avec qui il a eu 3 enfants, Jean (1882-1966), artiste-peintre, Jacques (1884-1964), architecte et Marc (1887-1916), aviateur. Ce dernier était un des pionniers de l'aviation.
Bernard Marrey, Louis Bonnier : 1856-1946, Bruxelles, Mardaga - Institut français d'architecture, coll. « Architectes », , 335 p. (ISBN2-87009-235-0).
Gérard Monnier, L'architecture moderne en France, t. 1 1889-1940, Paris, Picard, , 279 p. (ISBN2-7084-0449-0), p. 242-243.
Institut français d'architecture, Archives d'architecture du vingtième siècle, p. 88-125, Pierre Mardaga éditeur, Liège, 1995 (ISBN2-87009-446-9).
Gilles Candar, Les Souvenirs de Charles Bonnier : un intellectuel socialiste européen à la Belle époque, Villeneuve d'Ascq, Septentrion, , 279 p. (ISBN2-85939-634-9 et 9782859396343, lire en ligne), p. 16-17.
↑Édouard-Joseph, Dictionnaire biographique des artistes contemporains, tome 1, A-E, Art & Édition, 1930, p. 164
↑Soizic Alavoine-Muller, « Un globe terrestre pour l'exposition universelle de 1900. L'utopie géographique d'Élisée Reclus », L'Espace géographique, vol. 32, no 2, , p. 156-170 (lire en ligne)
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