? 1868-? 1871 : Antoine Horner, vice-préfet apostolique de Zanguebar. Présent sur place depuis juin 1863, c'est lui qui de fait dirige la préfecture apostolique.
? 1871-? 1877 : Antoine Horner C.S.Sp, toujours vice-préfet apostolique de Zanguebar. Déchargé de cette fonction, il meurt à Cannes, en France, en 1880.
? 1880- : Edmond Baur (Edmond Martin Baur) C.S.Sp, vice-préfet apostolique de Zanguebar. Présent sur place, c'est lui qui de fait dirige la préfecture apostolique.
- : siège vacant
- : Edmond Baur (Edmond Martin Baur) C.S.Sp, toujours vice-préfet apostolique de Zanguebar. Après l'érection du vicariat apostolique le , Edmond Baur C.S.Sp garde son titre de vice-préfet apostolique jusqu'à sa mort le .
↑La liste des préfets apostoliques est établie selon La Barbarie africaine.... Cette source est en effet plus précise et plus conforme à d'autres sources que L'Annuaire Pontifical. De plus, elle est contemporaine de la période considérée (1885). Ces deux sources diffèrent en ce qui concerne le titre exact d'Antoine Horner et d'Edmond Baur. L'Annuaire Pontifical indique qu'ils étaient préfets apostoliques, respectivement en 1866-1877 et en 1871-1913. La barbarie africaine... indique qu'ils n'étaient que vice-préfets, les préfets en titre étant Amand-René Maupoint, évêque de Saint-Denis de La Réunion (1860-1871), puis Ignace Schwindenhammer, supérieur des Spiritains (1871-1883). Quoi qu'il en soit, c'est bien Antoine Horner puis Edmond Baur qui ont de fait dirigé la préfecture apostolique de Zanguebar, car, contrairement aux préfets en titre, ils étaient sur place.
Alexis-Marie Gochet, « La barbarie africaine et l'action civilisatrice des missions catholiques au Congo et dans l'Afrique équatoriale : contenant, comme préliminaires, un chapitre sur le mouvement antiesclavagiste et le discours du cardinal Lavigerie à Londres », H. Dessain, Liège, 1889 (ouvrage consultable en ligne).
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