En 1843, il épouse Henriette Poswick (1817-1866), la belle-fille du poète et magistrat Weustenraad qui mourra du choléra dans la maison du couple, à Jambes, le .
Passionné d’histoire à l'égal d'Adolphe Borgnet, son frère aîné, Jules obtient de pouvoir classer d’anciennes et précieuses archives conservées dans les greniers du Palais de justice de sa ville natale.
En 1845, il figure au nombre des membres-fondateurs de la Société archéologique de Namur dont il devient le secrétaire pour ainsi dire perpétuel.
Trois ans plus tard, lors de la création du dépôt des archives de l’État à Namur, il abandonne son emploi à l’administration provinciale pour prendre la direction du nouveau service[1].
En 1851, il accepte en outre d’assumer le cours d’histoire et de géographie à l’Athénée local.
Comme historien, il multiplie les contributions savantes relatives à l’histoire de la ville et de la province de Namur (voir ci-dessous).
Depuis 1878, une des rues de Namur porte le nom de Jules Borgnet.
1862 : Cartulaire de la commune de Bouvignes, en 2 volumes, à Namur, chez Adolphe Wesmael-Legros (Documents inédits relatifs à l’histoire de la province de Namur publiés par ordre du Conseil provincial).
1964 : Félix Rousseau, Propos d'un archiviste sur l'histoire de la littérature dialectale à Namur, Ire partie : des origines à 1880, Namur, Édition "Les Cahiers wallons", 116 pp., spéc. p. 68-72.
1999 : Marie-Louise Bouvy Coupery de Saint-Georges-Neys, Les Borgnet, ces Mosans. Évolution sociale d'une famille, Bruxelles, Office généalogique et héraldique de Belgique (Recueil, 47).
2000 : Geneviève Faignoy, « Jules Borgnet. Regards d'un historien sur son métier de professeur (1851-1872) », dans Luc Hiernaux (coord.), De l'École du Faucon à l'Athénée François Bovesse, Namur, Union des Anciens et Amis de l'Athénée et du Lycée de Namur, 2000, p. 109-120.