En 1851, Hellmesberger devient professeur de violon au conservatoire de Vienne, premier violon et chef d'orchestre des concerts de la Gesellschaft der Musikfreunde ainsi que directeur du conservatoire de Vienne. Après la division des deux institutions en 1859, il garde son poste de directeur du conservatoire tandis que Johann Herbeck devient le directeur des concerts. Il fut professeur jusqu'en 1877 mais continua son rôle de directeur jusqu'à sa mort à Vienne en 1893.
En 1860, il devient premier violon de l'Orchestre de l'Opéra de la Cour. Il eut, durant sa vie, différentes positions importantes dans la vie musicale viennoise.