La théorie la plus courante de l'origine du nom Jordaan est qu'il était tiré du mot français jardin. En effet, de nombreux réfugiés huguenots s'installèrent dans le quartier au XVIIe siècle. La plupart de ses rues prenant alors des noms de fleurs.
Une autre piste est que le nom du quartier serait une référence au Jourdain, fleuve de Terre sainte, qui s'appelle précidément Jordaan en néerlandais.
En 1609, selon la volonté des autorités de réaménager la ville, le Jordaan fut attribué aux couches populaires des habitants d'Amsterdam, comme les ouvriers et les petits artisans, ce qui en fait un territoire traditionnellement de gauche, malgré le récent et relatif embourgeoisement de ce quartier désormais très prisé mais qui a su conserver ses traditions. On y trouve de nombreux cafés bruns.
De par son histoire, le quartier est un symbole de la tolérance amstellodamoise. Une statue d'Anne Frank, proche de sa maison, ainsi que l'Homomonument (ou « monument des Trois triangles rouges ») en hommage aux victimes homosexuelles du nazisme perpétue cette tradition de tolérance de la ville. René Descartes résida dans le Jordaan.
La Westerkerk servit de théâtre à de nombreuses luttes et revendications humanistes.
La Johnny Jordaanplein, une place située sur une partie de l'ancien Elandsgracht, où est érigée une statue à l'effigie du chanteur populaire du quartier Johnny Jordaan