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Fils de Jean-Ernest Kiefer, ingénieur suisse catholique, et de Norma Vermaasen, genevoise anabaptiste d'origine néerlandaise, Jean Kiefer naît sur l'île de Rhodes durant une mission de prospection minière de son père pour le sultan de Turquie. Sa famille s'installe en Égypte où son père travaille aux Sucreries d'Égypte. Sa mère y meurt alors qu'il a cinq ans. Son père s'installe à Lausanne, et Jean Kiefer suit les cours d'une école privée de la ville. Son père se remarie avec Jeanne Gremaud, une Bulloise catholique, qui va donner une éducation catholique aux enfants. Il part en internat faire ses secondaires au Collège Saint-Michel de Fribourg. Ses parents décèdent pendant ses études secondaires[1],[source insuffisante].
Il est secrétaire du monastère[3], y enseigne aux novices la philosophie[4] et on lui confie par sa formation d'ingénieur agricole la responsabilité des vergers du domaine. Il est ordonné prêtre en 1936[5].