Il revient en Hollande en 1296 après le meurtre de son père. Le régent, Wolfert I van Borselen(nl), adopte une politique de neutralité envers la Flandre et l'Angleterre, mais les villes ne l'apprécient pas et Van Borselen est assassiné en 1299. Jean Ier d'Avesnes, comte de Hainaut, son plus proche parent, est ensuite nommé régent, pendant quelques mois.
Jean Ier de Hollande meurt en 1299 sans enfant. La Hollande revient à son cousin Jean d'Avesnes.