Si la fondation de l'Armée islamique d'Aden par 300 anciens de la guerre d'Afghanistan remonte au début des années 90, les premières actions revendiquées en son nom datent de 1997[6]. Dès cette époque, le groupe entretient des relations avec Al-Qaïda[6].
Le leader originel de l'organisation, Zayn Al Abidine Al Mihdar, est exécuté. Hatem Ben Farid, qui le remplace, est condamné à sept ans de prison en [6]. Son successeur, Khalid al-Nabi al-Yazidi, meurt en 2003 lors d'un raid de l'armée yéménite[7].