Il a été nommé par Jan Fischer ministre des Affaires étrangères le , en remplacement de Karl zu Schwarzenberg. Il a ainsi présidé le conseil de l'Union européenne du au à Bruxelles. Il est de nouveau choisi en tant que ministre des Affaires étrangères en au sein du gouvernement de l'économiste indépendant Jiří Rusnok, où il succède à nouveau à Karl zu Schwarzenberg, qui lui avait succédé en ; ce gouvernement n'étant pas soutenu par le parti social-démocrate, il y siège en tant qu'indépendant.
Kohout a été sous le feu de l'actualité dans son pays en 2005, lorsqu'il a été proposé comme nouveau Premier ministre en remplacement de Stanislav Gross par le parti social-démocrate tchèque. C'est finalement Jiri Paroubek qui a été choisi.