Schaper retourne à Hanovre en 1875 pour reprendre l'atelier de son père. La même année, il rejoint l'Association des artistes de Hanovre et termine son service militaire en 1876. De 1876 à 1879, Hermann Schaper décore des bâtiments à Hanovre, y compris, au nom de Conrad Wilhelm Hase, l'ancien hôtel de ville de Hanovre(de). À partir de 1879, il est peintre indépendant. En 1889, Schaper est nommé professeur et part en voyage d'études à Ravenne la même année. En 1900, il devient membre de la Bauhütte zum Weißen Blatt(de) et reçoit la petite médaille d'or à la Grande exposition d'art de Berlin en 1905.
Le , le Leipziger Illustrirte Zeitung publie consacré à la peinture contemporaine à Hanovre, principalement avec des illustrations de Schaper. La maison d'édition A. Madsack & Co.(de) a vend également le numéro individuellement, avec une couverture supplémentaire et des illustrations supplémentaires souvent avec les signatures ou les monogrammes des artistes respectifs fournis.
Schaper se consacre principalement à la décoration des églises et des bâtiments historiques. Ses œuvres les plus connues incluent la conception de la cathédrale d'Aix-la-Chapelle et les peintures murales de l'ancien hôtel de ville de Göttingen(de) et de la forteresse teutonique de Marienbourg. Il réalisé de nombreux cartons pour des mosaïques, comme la représentation de membres de la maison de Hohenzollern dans l'église du Souvenir de l'Empereur Guillaume de Berlin[2]. Entre 1900 et 1911, son atelier a de grandes commandes pour les mosaïques, souvent mis en œuvre par la société berlinoise Puhl & Wagner(de). En raison de la mort des plus jeunes employés au moment de la Première Guerre mondiale et des bouleversements artistiques conséquents, l'atelier se dissout. Beaucoup de ses œuvres d'art sont détruites pendant la Seconde Guerre mondiale.
Fontaine du marché de Hanovre : conception des figures de la fontaine, exécutée par Wilhelm Engelhard, 1881
Ancien hôtel de ville de Göttingen(de) : Peinture murale dans la salle du conseil municipal avec des armoiries de villes hanséatiques et des scènes de l'histoire de la ville de Göttingen, 1884–1886 ; Aménagement de l'ancienne salle de réunion, 1903
Église de garnison de la Goetheplatz(de) à Hanovre : peinture murale et peinture sur verre "Les trois grandes fêtes du christianisme", 1893 (l'église est démolie en 1959)
Conception de la cathédrale d'Aix-la-Chapelle : mosaïques d'après les cartons de Schaper dans l'octogone et dans la loge impériale, murs et sols incrustés de marbre coloré, peintures au plafond, vitraux colorés, ferronnerie en bronze sur les grilles et les portes, 1893-1901 ; Décoration en mosaïque et marbre du déambulatoire, 1907-1911
Forteresse teutonique de Marienbourg : Tableaux du Grand Maître dans la salle capitulaire, Madone, carton pour un tableau dans la chapelle Sainte-Anne, tableau de la Cène et trois scènes historiques dans le grand réfectoire, 1898-1911
Cathédrale de Brême : peinture murale et mosaïques dans le chœur et sur la façade de la tour, 1899-1901
Leonore Binder: Hermann Schaper und die Neuausstattung des Göttinger Rathauses. 1883–1903 (= Studien zur Geschichte der Stadt Göttingen. Band 16). Vandenhoeck und Ruprecht, Göttingen 1990, (ISBN3-525-85416-1).
Pia Heckes: Studien zu den Kirchendekorationen Hermann Schapers (1853 - 1911) mit einem Gesamtkatalog seines künstlerischen Werkes, Diss. Technische Universität Berlin, 1990
↑(de) Mittelalterliche Rathäuser in Niedersachsen und Bremen : Geschichte, Kunst, Erhaltung, Imhof, , 184 p. (lire en ligne), p. 62
↑(en) Kathleen James-Chakraborty, Modernism as Memory : Building Identity in the Federal Republic of Germany, University of Minnesota Press, , 336 p. (ISBN9781452956268, lire en ligne)