Il y passa son habilitation en 1896. Puis devint professeur en 1901.
En 1904 il prit la direction de la clinique universitaire psychiatrique, devenu mondialement renommée.
Il quitta sa chaire d'enseignement pour cause de maladie en 1918, et assuma jusqu'à sa mort la charge de directeur de département le centre allemand de recherche pour la Psychiatrie, fondé par Emil Kraepelin, qui constitue aujourd'hui le Max-Planck-Institut für Psychiatrie.
Publications
1903Die Neuronenlehre und ihre Anhänger. Ein Beitrag zur Lösung des Problems der Beziehungen zwischen Nervenzelle, Faser und Grau. Gustav Fischer, Jena
1904Zur Histopathologie der paralytischen Rindenerkrankung. In: Histologische und histopathologische Arbeiten über die Grosshirnrinde mit besonderer Berücksichtigung der pathologischen Anatomie der Geisteskrankheiten. Volume 1. G. Fischer, Jena, S. 315-494.
1908 mit Alois Alzheimer: Histologische und histopathologische Arbeiten über die Grosshirnrinde. Fischer, Jena
1921 mit Alois Alzheimer: Histologie und Histopathologie. Posthum erschienen in: Arbeiten über die Grosshirnrinde mit besonderer Berücksichtigung der pathologischen Anatomie der Geisteskrankheiten. Fischer, Jena
Karl Jaspers: Philosophische Autobiographie (= Serie Piper. Bd. 150). Erweiterte Neuausgabe, 2. Auflage. Piper, München 1984, (ISBN3-492-00450-4), S. 17–31.
Barbara I. Tshisuaka: Nissl, Franz. In: Werner E. Gerabek, Bernhard D. Haage, Gundolf Keil, Wolfgang Wegner (Hrsg.): Enzyklopädie Medizingeschichte. De Gruyter, Berlin/New York 2005, (ISBN3-11-015714-4), S. 1054.