La fusion s'opère en juin 1987 entre deux clubs en crise : le FC Haguenau et les SR Haguenau. En effet, ces derniers sont englués en Promotion d'honneur (PH)/Promotion d'Excellence, aujourd'hui Régional 2, alors qu'ils évoluaient quelques saisons plus tôt dans les compétitions nationales (D3/D4). Cependant, l'évolution sportive du nouveau club fut positive avec cinq promotions en sept saisons, faisant passer Haguenau des affres de la PH à l'élite amateur : le championnat national (D3). Phases de stabilisation et de léger déclin s'enchaînent ensuite pour les Rouges et Bleus. Après trois saisons difficiles en CFA 2, le club descend en DH Alsace en 2009.
Le club atteint par deux fois les trente-deuxièmes de finale de la Coupe de France de football en 1996 et 2005. C'est à cette occasion que la plus grosse affluence du club à domicile est réalisée avec 3 000 spectateurs le 9 janvier 2005 pour la réception du Stade Olympique Romorantinais, alors en National. En avril 2014, le club dispute un match de championnat d'Alsace à domicile contre l'équipe réserve du RC Strasbourg devant 2 400 spectateurs[1]. À l'issue de la saison, le club finit premier de son groupe avec 79 points et accède en CFA 2[2].
Lors de la saison 2017-2018 le club est promu en National 2.
Lors de la saison 2018-2019 le club réussit à se maintenir.
Né en 1987 de la fusion du FC Haguenau 1900 et des Sports Réunis Haguenau 1920, le FCSR Haguenau eu pour premier entraineur Raymon Heng (ancien président du FC Haguenau)[15].
Rang
Nom
Période
1
Raymond Heng
1987- 1990
2
Albert Huber
1990-1994
3
Bernard Dilmann
1994-1997
4
Jean-Luc Burg
5
Michel Antoni
6
Jean-Luc Kleinmann
en cours
Entraineurs
La saison de National 2 2021-2022 est marquée par le départ de Cédric Deubel en cours de saison d'un commun accord avec le club. Il reste toutefois présent en tant que responsable technique des jeunes[16]. Il est remplacé temporairement par Laurent Brengel avant l'arrivée de Stéphane Crucet[17].
