Dans le domaine de la musique de chambre, Florence Malgoire fonde au début des années 1990, avec Alice Piérot, Marianne Muller et Aline Zylberajch, l’ensemble Les Nièces de Rameau[1]. En 2003, elle fonde Les Dominos, ensemble à géométrie variable, spécialisé dans les musiques des XVIIe et XVIIIe siècles, qui s'est produit à Naples, Beaune, Genève, Lille, etc.
2012 : François Couperin, Sonates, avec Les Dominos (mai 2012, Ricercar RIC 330)
2013 : Georg Friedrich Haendel, Belshazza (Les Arts Florissants Editions), avec Les Arts Florissants, direction William Christie : violon solo
2013: Marc-Antoine Charpentier, Sonate à 8 H.548, Pour un reposoir H.508, Noël pour les instruments H.531 & H.534, avec Les Dominos, Les Agréments, Chœur de chambre de Namur : violon et direction (mai 2012, mai 2013, Ricercar RIC 338)
2014 : Georg Friedrich Haendel, Music for Queen Caroline (Les Arts Florissants Éditions), avec Les Arts Florissants, direction William Christie : violon solo.
2014 : Rameau, Concerts en sextuors, avec Les Dominos : Stéphanie de Failly, Sue Ying Koang, violons ; Simon Heyerick, alto ; Claire Giardelli, basse de violon ; Cyril Poulet, violoncelle ; Evolène Kiener basson ; Serge Saitta, Amélie Michel, flûtes et piccolos ; Laurent Stewart, clavecin ; Florence Malgoire, violon et direction (2014, Ricercar RIC 350)
2016 : La Harpe reine, Musique à la Cour de Marie-Antoinette (Harmonia Mundi, avec Les Arts Florissants, direction William Christie : violon solo.
2016 : Bien que l'amour... Airs sérieux et à boire (Harmonia Mundi, avec Les Arts Florissants, direction William Christie : violon solo.
2017 : Genève au Siècle des Lumières (Claves) Orchestre baroque de la HEM-Genève : violon et direction.
2019 : Si vous voulez un Jour... Airs sérieux et à boire, vol. 2 (Harmonia Mundi, avec Les Arts Florissants, direction William Christie : violon solo.