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En octobre 2021, Emma Rafowicz est la cheville ouvrière de la refondation des Jeunes socialistes (JS), mouvement de jeunesse du PS avec le soutien du premier secrétaire Olivier Faure[4]. La relance des JS étant réussie avec 4 000 adhérents revendiqués début 2023 contre 150 au lendemain de la présidence de François Hollande[6], elle est réélue présidente au congrès des Jeunes socialistes tenu à Lille en avril 2023 avec 85,8 % des voix, face à son concurrent Arthur Moinet, son texte d'orientation ayant lui obtenu 76,4 % des voix[7].
En janvier 2023, lors du congrès de Marseille du PS, elle se présente au poste de première secrétaire de la fédération de Paris au nom du texte d'orientation d'Olivier Faure, mais est battue par Lamia El Aaraje[7],[8], qui l'emporte avec 60 % des voix[9].
Sous son impulsion, les JS rédigent en septembre 2023 avec les autres mouvements de jeunesse de gauche impliqués dans la NUPES, à l'exception des communistes, un programme commun de 166 propositions[5],[11].
Elle déclare à Libération avoir « l'universalisme chevillé au corps » et estime que « certains, à gauche, se vautrent dans une vision identitaire portée par l'extrême droite ». Elle ajoute : « ils ne pensent pas être racistes, mais ils le sont »[12]. Questionnée sur le concept d'intersectionnalité des luttes, elle note en 2023 : « Je ne pense pas que tout soit à jeter sous prétexte que le terme ne rentre pas dans mon mode de pensée initial, certains travaux universitaires apportent un éclairage. Le racisme, l’antisémitisme, la LGBTphobie existent, rongent la cohésion de notre société. Tous les textes qui permettent de mieux le comprendre et de mieux le combattre doivent être étudiés. Les nier par principe serait une erreur »[5].
Elle est élue députée européenne lors du scrutin du 9 juin 2024[13]. Durant la campagne des européennes, alors qu'elle condamne la politique israélienne lors de la guerre Israël-Hamas de 2023-2024 et dénonce les « crimes de guerre » et la « guerre aveugle » menée par Benyamin Netanyahou[14], elle est victime de cyberharcèlement, d'antisémitisme et de désinformations qui la présentent comme pro-israélienne et souhaitant « infiltrer » la politique française, du fait qu'elle est est la nièce d'Olivier Rafowicz, un des porte-paroles de Tsahal, en vue sur les médias français durant le conflit, et « qu'elle connaît mal »[15]. Elle est également victime de propos haineux comme « Hitler avait raison », « Glucksmann, Rafowicz, c'est de la même graine » ou des appels « à éradiquer ces punaises de lit » de la part de comptes anonymes qu'elle estime proches de La France insoumise[3]. Elle porte plainte le 6 mars[3].