Sa première élection au Landtag du Schleswig-Holstein a lieu lors des élections régionales de 1992. Il est aussitôt désigné coordinateur du groupe libéral, dont il prend la présidence en 1993. Il y renonce en 1996, retrouvant alors son poste de coordinateur parlementaire. Le , Ekkehard Klug est nommé ministre de l'Éducation et de la Culture du Schleswig-Holstein dans la coalition noire-jaune dirigée par le Ministre-président chrétien-démocrate sortant Peter Harry Carstensen.
Il quitte le gouvernement le , après le retour au pouvoir des sociaux-démocrates.