Il est le fils de Gervase Kirke, un riche marchand écossais vivant à Londres qui est marié à une huguenote, Elizabeth Goudon[2]. Il est élevé à Dieppe, en Normandie, où son père a une activité commerciale.
En 1627, le père de Kirke et plusieurs marchands de Londres forment une compagnie pour encourager le commerce et l'établissement de la vallée du Saint-Laurent.