Après avoir été formé au Basket club biso na biso, Christian Eyenga commence sa carrière dans son pays dans le club d'Onatra Kinshasa. Il arrive en Espagne en 2007, à Prat, en troisième division, rejoignant au cours de la saison 2007-2008, la Joventut Badalona, dont Prat est un club affilié. Il retourne à Prat pour la saison suivante.
Il est sélectionné au 30e rang de la draft 2009 par les Cavaliers de Cleveland, alors qu'il joue encore en deuxième division espagnole[1]. En 2009-2010, il revient de nouveau à Badalona.
Il participe à la NBA Summer League 2010 avec les Cavaliers. Le , Christian Eyenga signe un contrat de deux ans avec les Cavaliers pour un montant de deux millions de dollars[2]. Le 18 novembre, il est envoyé en D-League, chez les BayHawks d'Érié. Le 2 janvier, il est rappelé dans l'effectif des Cavaliers et fait ses débuts en NBA le même jour, contre les Mavericks de Dallas où il termine avec quatre points et trois rebonds. En février, il signe deux dunks exceptionnels, dont un sur la tête de Pau Gasol, lors de la victoire contre les Lakers de Los Angeles.
En octobre 2011, il retourne à la Joventut Badalone en Espagne durant le NBA Lockout 2011.
Le 23 octobre 2012, Eyenga est coupé par le Magic. Puis, il est sélectionné par les Legends du Texas en D-League. Le 4 janvier 2013, il est libéré par les Legends et il signe au Shanxi Zhongyu en Chine. En février 2013, il revient chez les Legends après un mois en Chine.
Le 4 août 2014, il signe un contrat d'un an avec le club polonais de Turów Zgorzelec mais il est licencié en septembre[3],[4]. En septembre 2014, il est libéré par le club polonais.
Au mois de , il rejoint l'Unicaja Málaga pour disputer les playoffs du championnat espagnol et pallier la blessure d'Adam Waczyński[6]. Il prend part à 6 rencontres où il marque 9,7 points et prend 3,3 rebonds en 17,0 minutes de jeu par match[7].
En Novembre 2023, il rejoint le Lille LMBC en Pro B française[8].
