Etablie en 1988, Cebu Pacific lance ses opérations le avec des vols intérieurs depuis l’Aéroport international de Manille vers Cebu et Davao. Elle est clouée au sol en à la suite de l’accident du vol 387, qui fait 104 morts[4], mais les vols reprennent un mois plus tard.
Fin 2001, Cebu Pacific opère près de 80 vols quotidiens vers 18 destinations aux Philippines, et lance sa première route internationale vers Hong Kong[5]. Séoul est ajoutée à son réseau en , puis d'autres destinations régionales mais la plupart sont suspendues début 2003 pour cause d’épidémie du SRAS.
En , la compagnie reçoit ses deux premiers Airbus A320, loués auprès de CIT Leasing, puis elle commande en 2007, 14 ATR72 dont six fermes, le premier rejoignant sa flotte en février suivant[6]. Fin 2008, Cebu Pacific dessert à l’international Busan, Hong Kong, Singapour, Séoul, Taipei et Bangkok depuis Cebu, et depuis sa base de Manille Bangkok, Guangzhou, Hong Kong, Jakarta, Kuala Lumpur, Macao, Singapour, Taipei, Séoul, Shanghai et Xiamen.
En , la compagnie se rend célèbre en instaurant les consignes de sécurité dansées. Une vidéo prise en vol par un téléphone mobile montre des hôtesses présentant les consignes au rythme d’une chanson de Lady Gaga[7]. Plus de 7 millions de personnes ont vu cette vidéo. À la suite de critiques du syndicat du personnel, en particulier parlant de « machisme », les stewards de la même compagnie font une démonstration similaire en octobre[8].
Cebu Pacific transporte son 50 millionième passager le , entre Manille et Pékin[9]. Elle annonce pour le début de ses opérations long-courrier avec un vol vers Dubaï[10].
En , la compagnie annonce une commande de 31 avions auprès de Airbus au salon du Bourget. Il s'agit de 16 A330neo, 10 A321XLR et 5 A320neo[11].
La liste noire de l'Union européenne du 23 novembre 2011
Toutes les compagnies aériennes des Philippines ont été placées en sur la liste noire de l'Union européenne[15]. Elles y restent en , malgré les progrès constatés par le régulateur européen notamment dans le cas de Cebu Pacific et Philippine Airlines. Cebu Pacific obtient finalement son droit d’exploitation en Europe le [16].
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