En 1813, la Couronne espagnole donna à San José le titre de ville et, comme tel, requit d'un temple qui fit honneur à la foi catholique. La construction de ce premier temple a été entamée en 1825 sous la tutelle d'Eusebio Rodríguez, qui avait dessiné un temple plus long et plus large. L'église fut inaugurée en 1827 et reçu le titre de cathédrale en 1850, lorsque monseigneur Anselmo Llorente y La Fuente fut nommé premier évêque du Costa Rica.
La structure de 1827 a été affectée ensuite par divers séismes. En 1871, Monseigneur Llorente et le Conseil ecclésiastique municipal ont chargé l'architecte José Quirce et le menuisier Manuel Conejo d'une étude de l'état du temple. Les experts ont recommandé de changer le plafond en bois car il était au mauvais état. Ce fut au tour de l'évêque Domingo Rivas de faire les aménagements en engageant le menuisier guatémaltèque, Ramón Estrada, qui conclut l'œuvre en 1878 et qui donna la création du dôme, la chaire, le chœur et les détails des colonnes.
Un an plus tard, un séisme secoua le pays et la structure s'est vue de nouveau très affectée au point de faire démolir les clochers et prendre la décision d'utiliser du métal pour les nouveaux clochers, qui étaient assez légers, bien que sa taille fut disproportionnée avec le volume du reste du bâtiment[4].
Histoire récente
En 1914, douze vitraux furent ramenés de France d'une taille de 360 × 180 cm, fournis par les ateliers de la famille Champigneulle, peintres verriers réputés de la fin du XIXe siècle[5]. Quatre font référence à Saint Joseph, sept autres à des images de saints et saintes, ainsi qu'un à la Sainte Trinité.
↑ a et b(es) Diego López Marina, « Declaran santuario nacional a la Catedral de San José en Costa Rica » [« Ils déclarent sanctuaire national la cathédrale de San José au Costa Rica »], sur aciprensa.com, site de ACI Prensa(es), (consulté le ) : « Con una Misa celebrada este martes, Mons. José Rafael Quirós, Arzobispo de San José en Costa Rica, consagró la Catedral Metropolitana de San José como nuevo santuario nacional, lugar que desde ahora se convertirá un sitio de peregrinación. » (« Par une messe célébrée ce mardi, Mgr José Rafael Quirós(es), archevêque de San José au Costa Rica, a consacré la cathédrale métropolitaine de San José comme nouveau sanctuaire national, un édifice qui deviendra désormais un lieu de pèlerinage. »)
↑ a et b(es) « Iglesia en Costa Rica consagra nuevo santuario nacional » [« L’Église au Costa Rica consacre un nouveau sanctuaire national »], sur verdadenlibertad.com, (consulté le ) : « La Iglesia en Costa Rica consagra la catedral metropolitana de San José como nuevo santuario nacional, lugar que desde ahora se convertirá un sitio de peregrinación, en una celebración presidida por el arzobispo de San José, Rafael Quirós, el martes 7 de diciembre, en la víspera de la festividad de la Inmaculada Concepción. En el nuevo santuario se podrá venerar la imagen que se ubica en el altar de San José, que es de origen español y se conserva desde 1926. » (« L’Église du Costa Rica consacre la cathédrale métropolitaine de San José comme nouveau sanctuaire national, site qui deviendra désormais un lieu de pèlerinage, lors d’une célébration présidée par l’archevêque de San José, Rafael Quirós(es), le mardi , veille de la fête à l’Immaculée Conception. Dans le nouveau sanctuaire, il sera possible de vénérer la statue qui se trouve au-dessus de l’autel Saint-Joseph, d’origine espagnole, conservée là depuis 1926. »)