Carlos Baguer consacre vingt-deux années de son existence aux orgues de la cathédrale de Barcelone, à l'époque où Francesc Queralt est maître de chapelle. Il obtient la charge d'organiste comme suppléant en 1786 à la demande de son oncle Francesc Mariner. À la mort de ce dernier, il devient l'organiste titulaire de la cathédrale en 1789, poste qu'il détient jusqu'à sa mort. Malgré ses liens avec l'évêché de Barcelone, il a surtout bénéficié de la formation musicale de son oncle.
Il est une des figures musicales les plus importantes en Catalogne d'alors. Il a une réputation spéciale pour des interprétations et des improvisations sur l'orgue.
Ses dix-neuf symphonies font de lui, avec Luigi Boccherini et Gaetano Brunetti, le symphoniste principal de l'Espagne dans l'ère classique. La plupart de ses symphonies sont clairement sous l'influence des maîtres italiens et allemands — notamment Pleyel et Joseph Haydn, sans en avoir ni l'importance ou le génie... Baguer reste un petit maître.
Œuvres pour clavier
Sonate n° 2 en sol mineur, pour clavier
Sonate n° 4 en la majeur, pour clavier
Sonate n° 16 en Mi bémol majeur
Sonate n° 52 (?) en si bémol majeur
Musique de chambre
Sonata para clarines y cadireta
Sonata per a corneta
Symphonies
Symphonie n° 1 en do majeur
Symphonie n° 2 en do mineur (1790)
Symphonie n° 3 en ré majeur
Symphonie n° 4 en ré majeur
Symphonie n° 5 en ré majeur
Symphonie n° 6 en ré majeur
Symphonie n° 7 en ré majeur
Symphonie n° 8 en ré majeur
Symphonie n° 9 en ré majeur
Symphonie n° 10 en ré majeur
Symphonie n° 11 en ré majeur
Symphonie n° 12 en mi bémol majeur (c. 1786)
Symphonie n° 13 en mi bémol majeur
Symphonie n° 14 en mi bémol majeur
Symphonie n° 15 en mi bémol majeur
Symphonie n° 16 en sol majeur (c. 1790)
Symphonie n° 17 en si bémol majeur
Symphonie n° 18 en si bémol majeur (1790)
Symphonie n° 19 en si bémol majeur (1790)
Concerto
Concerto pour deux bassons et orchestre en fa majeur
Opéra
La principesa filósofa (1797), opéra sur un livret de Carlo Gozzi, inspiré de la comédie El desdén con el desdén d'Agustín Moreto création : Barcelone, 1797 Teatre de la Santa Creu.
Oratorios
La mística Rachel en lamento figura de Ntra. Sra. Madre adolorida, en la pasión y muerte de su Divino Hijo
Mort d'Abel (1802)
No te abandones
El Santo Job drame sacré (1804)
La adoración del Niño Diós por los ángeles y pastores drame sacré (1805)
La resurrección de Lázaro drame sacré (1806)
La partida del hijo pródigo drame sacré (1807)
El regreso á Bara su patria del Dr. Josef Oriol (1807)
El regreso del hijo pródigo (1807)
Œuvres liturgiques
Messe pour quatre voix et accompagnement
Messe pour deux et trois voix avec accompagnement
Messe pour quatre voix et accompagnement
Messe pour quatre voix et accompagnement sur le thème "Gaudont in coelis"
Messe pour huit voix et accompagnement
Kyrie et Gloria pour quatre voix et accompagnement
Magnificat pour quatre voix et accompagnement
Autres œuvres avec voix
Versos del 6e, to per a l'"Agnus Dei", pour voix et orgue
Versos del 6e. to per al "Sanctus", pour voix et orgue
Ofertori, pour voix et orgue
Preludi al tercer salm de nones, pour 3 voix et orgue
Al rigor de adversa suerte, aria pour contralto
Bello infante, aria
Dios supremo Cavatine, récitatif et polca
El dolor, la venganza, aria pour basse
La dulce memoria, aria pour ténor
Este nuevo resplandor, aria pour contralto
Este placer que siento : cuarteto
Fratres sobri es tote completas pour quatre voix et accompagnement
Frates sobri estote completas pour quatre voix et accompagnement
Hasta que mi contrario, aria pour basse
Rondó de nazards, pour voix et orgue
La tranquilidad : Polaca para Tiple
Vamos presto a el Niño pour chœur et aria de ténor
Villancico à quatre voix et accompagnement (comprend : El cielo permite, Logre Job Diós compasivo, Los astros radiantes)
