Après avoir remporté le titre de joueur de l'année au niveau secondaire américain alors qu'il évoluait pour l'équipe des Bears de l'école secondaire de White Bear Lake, Brian Bonin se voit être réclamé par les Penguins de Pittsburgh au neuvième tour du repêchage de 1992 de la Ligue nationale de hockey.
Laissé sans protection par les Penguins, le centre s'entend pour une saison avec la nouvelle formation du Wild du Minnesota à l'été 2000 et il dispute sept rencontres avec eux avant d'être cédé à la LIH. Voyant aucune équipe de la LNH lui faire d'offre de contrat en 2001, il quitte alors pour la Suisse où il rejoint le SC Langnau Tigers de la Ligue National A. Il reste avec ceux-ci deux saisons avant de se retirer de la compétition en 2003.
Il tente d'effectuer au cours de la saison 2004-2005 un retour au jeu avec les IceCats de Worcester de la LAH, mais se retire à nouveau après n'avoir disputé que quatre rencontres[1].