Elle prend sa source à Tavannes, au pied du col de Pierre-Pertuis, à une altitude de 765 m, et coule tout au long de la vallée de Tavannes. Après un parcours de 73 km, elle se jette dans le Rhin à Bâle, à une altitude de 262 m.
Avec un bassin versant de 924 km2, la Birse est la plus importante rivière du Jura suisse.
L’origine de son nom, qui est utilisé depuis le XVe siècle, est controversée. Il pourrait provenir de « Beheres » (mot de racine indo-européenne signifiant « rapide ») ou de « Bir » qui en celte englobe les termes d'eau et de cours d'eau.
Au début du XXe siècle, 49 ponts enjambent la Birse, dont une douzaine d'ouvrages ferroviaires aménagés avec l'ouverture de la ligne entre Bâle et Bienne, en 1877. Un siècle plus tard, on en dénombre une centaine.
Les crues de la Birse ont provoqué d’importantes inondations à Pontenet et Bévilard en 1750, puis à Birsfelden en 1881. Si la crue du a provoqué des dégâts importants, celle du 8 au a même coupé Delémont « du reste du monde », certains foyers ayant même été privés d'électricité pendant plus de trois jours[1].