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Le club passe 4 saisons en Liga Sagres (1re division).
Il obtient son meilleur résultat en D1 lors de la saison 1967-1968, où il se classe 10e du championnat, avec 7 victoires, 7 matchs nuls et 12 défaites.
La même saison, le club atteint les huitièmes de finale de la Coupe du Portugal, ce qui constitue encore, à ce jour, la meilleure performance du club dans cette compétition.
La dernière présence en 1re division de l'Associação Desportiva Sanjoanense remonte à la saison 1968-1969.
L'Associação Desportiva Sanjoanense évolue pour la dernière fois en D2 lors de la saison 1984-1985.