Après trois saisons dans la Sarthe, il retourne à l'ASVEL.
En 2004, il est élu MVP du All-Star Game puis en 2011 et en 2017.
En 2009, le Jam de Bakersfield sélectionne Amara Sy en quatrième position de la draft de la NBA D-League.
Ayant choisi la sélection malienne, il ne peut prétendre à rejoindre l'équipe de France. Il participe alors aux championnats d'Afrique 2001, 2005 et 2009 avec la sélection malienne.
En juillet 2015 il quitte L’ASVEL et s'engage alors avec l'AS Monaco Basket[1]. Il remporte trois Leaders Cup d'affilée avec le club monégasque en 2016, 2017 et 2018.
Le , Amara Sy annonce qu'il devient président de l’Entente Cergy Osny Pontoise BB, le club de ses débuts qui évolue en NM2[2].
Blessé au poignet et au genou, Sy joue 4 matches lors de la saison régulière 2018-2019 et 10 en playoffs. À la fin de la saison, Sy et l'AS Monaco rompent le contrat qui les lie[4]. Quelques jours plus tard, il annonce son arrivée au Paris Basketball en Pro B pour un dernier challenge dans sa ville de naissance où il avait toujours voulu évoluer. Il s'inscrit alors dans le projet du club d'atteindre la Jeep Élite à court terme[5].
Amara Sy prend sa retraite sportive en et devient directeur sportif du Paris Basketball. En , son maillot est retiré par l'ASVEL[6].
Amaray Sy rejoue des matches professionnels en 2023 avec l'Entente Cergy-Osny-Pontoise, en troisième division (NM1) pour aider le club dont il est président à se maintenir en NM1[7].
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