Fils du graveur Joseph Eugène Dubois et d'Uranie Virginie Béthune, Alphée Dubois se marie à Rose Marie Catherine Novelli en 1860 à Rome. Il est le père d'Henri Alfred Auguste Dubois (1859-1943) qui devint également médailleur et sculpteur, et de Virginie Dubois, belle-mère du parfumeur François Coty.
Après son séjour fructueux plein de rencontres et de découvertes précieuses, il exécuta successivement deux médailles : Le Pape Pie IX bénissant le prince impérial, et La Réception des ambassadeurs siamois de Fontainebleau, et reçoit de nombreuses commandes officielles de la direction des Beaux-arts.
On lui doit aussi de nombreuses sculptures, dont le bas-relief L'Industrie et le Commerce ornant le fronton de la salle des Prévôts de l'hôtel de ville de Paris, et des portraits en médaillons de personnalités.
À la fin de sa vie, Alphée Dubois habitait au no 9 rue Chef-de-Ville à Clamart[4], où il est enterré au cimetière communal, no 26 rue du Bois-Tardieu. Son tombeau est orné d'une de ses œuvres, Les Bergers d'Arcadie, une plaque d'après Nicolas Poussin, avec l'inscription : « Et Ament Meminisse Periti » (« Que ceux qui savent, se souviennent »). Dans la même tombe repose son gendre, le graveur Alphonse Lamotte[5].
En tant que dessinateur de timbre-poste, Alphée Dubois a créé le type Alphée Dubois, dernier timbre des colonies générales destiné aux colonies françaises[6].
République française. Ministère de l'agriculture. Science, labeur. Concours de prime d'honneur de la Gironde (1926), médaille en argent vermeil, recto.
République française. Ministère de l'agriculture. Science, labeur. Concours de prime d'honneur de la Gironde (1926), médaille en argent vermeil, verso.
Union des sociétés de gymnastique de France fondée le . Patrie, courage, moralité, médaille en argent vermeil, recto.
Union des sociétés de gymnastique de France fondée le . Patrie, courage, moralité, médaille en argent vermeil, verso.