Alcest est formé en 1999 à Bagnols-sur-Cèze en tant que projet solo par Stéphane Paut, alias Neige[4]. Alcest était au départ un groupe de black metal. Le groupe devient ensuite le projet solo du musicien multi-instrumentiste Neige, connu aussi pour ses autres groupes Amesoeurs, Peste noire ou encore Lantlôs.
Le , Alcest sort son troisième album, Les Voyages de l'âme, et son premier clip vidéo sur le single Autre temps, réalisé par Julien Marie[9]. L'album Shelter est publié le . Au début de 2014, Alcest fait partie des 10 nouveaux artistes que le magazine Rolling Stone conseille d'écouter[10].
Le , Neige annonce un nouvel album. Le , le groupe annonce sur leur page Facebook que sa sortie est prévue le . L'album s'appelle Kodama et contient 6 titres et une pochette réalisée par Førtifem. Le premier extrait, Oiseaux de proie, est dévoilé le . Le , le magazine anglais Metal Hammer cite le groupe dans son top 10 des meilleurs groupes de métal français[11]. À la fin , l'équipe de programmation du Hellfest annonce le retour du groupe pour l'édition 2017[12],[13], Alcest avait déjà joué au Hellfest en 2012[14].
Le , Alcest sort son premier album sous le label allemand Nuclear Blast. Spiritual Instinct(en) se distingue par un retour à des sonorités plus abruptes et les critiques, notamment françaises, sont globalement positives[16],[17].