L'abbaye est fondée en 1046 par le comte Arnold II de Lambach-Wels qui y appelle des chanoines. Son fils, saint Adalbéron, la transforme en abbaye bénédictine dix ans plus tard et y envoie le moine Egbert (Eggebertus) de l'abbaye de Münsterschwarzach pour l'organiser selon l'esprit clunisien avec de nouveaux compagnons. L'abbaye souffre de destructions à l'époque du règne du duc Othon II de Bavière après 1233.
L'abbaye actuelle remonte à l'abbatiat de Placidus Hieber von Greifenfels (1615-1640-1678) qui la fait reconstruire en architecture baroque, reconstruction poursuivie par ses successeurs, Severin Blaß (1678-1705) et Maximilian Pagl(de) (1705-1725). De grands travaux d'agrandissements sont entrepris, notamment le bâtiment nord avec un réfectoire d'été (œuvre de Carlo Antonio Carlone) et un ambulatorium. La célèbre famille des Carlone décore l'intérieur de stucs et de peintures, comme l'ambulatorium par Diego Francesco Carlone(de).
L'abbaye n'est pas fermée au début du joséphisme, mais Joseph II la ferme finalement en 1784. Sa mort fait revenir les moines avec Dom Amand Stickmayr à leur tête.
Selon Friedrich Heer, auteur d'une biographe d'Adolf Hitler parue en 1968[1], celui-ci était enfant lorsqu'il aurait remarqué pour la première fois une svastika dans les armoiries de l'abbaye de Lambach où il était choriste. Les autorités nationales-socialistes expulsent les moines en 1941 pour y installer une NAPOLA (internat du parti). Les moines reviennent après la guerre.
L'abbaye est agrandie entre 1972 et 1982, ainsi qu'entre 1992 et 1994.
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