ATAC-Seq

L'acronyme ATAC-seq vient de l'anglais Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing. Il s'agit d'une technique utilisée en biologie moléculaire pour caractériser les régions accessibles de la chromatine ainsi que dans une moindre mesure le positionnement nucléosomal autour de celles-ci. Cette méthode fut décrite pour la première fois en 2013[1].

Description

Le principe de l'ATAC-seq repose sur le mode d'action de la transposase Tn5 sur l'ADN génomique de l'échantillon[2]. Les transposases sont des enzymes catalysant le mouvement de transposons vers d'autres parties du génome. Bien que les transposases naturelles possèdent un bas niveau d'activité, l'ATAC-seq emploie une transposase mutée hyperactive.

Utilisation

Les transposons s'incorporent préferentiellement dans les régions génomiques dépourvues de nucléosomes (nucleosome-free regions en anglais)[1]. Ainsi, un enrichissement de séquences de certains loci du génome indique une absence de nucléosomes ou d'autres interactions ADN-protéine.

Avantages

Les avantages de l'ATAC-seq comprennent :

1. Des besoins en quantités d'échantillons biologiques bas. 50 000 cellules suffisent pour cette technique, contrairement à d'autres techniques comme le MNase-Seq ou le DNase-Seq qui requièrent au moins 100 fois plus de matériel[2].
2. Vitesse : le protocole entier requiert 3 heures au total[2].

Notes et références

1. Jason D Buenrostro, Paul G Giresi, Lisa C Zaba, Howard Y Chang et William J Greenleaf, « Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position », Nature Methods, vol. 10, n^o 12,‎ 6 octobre 2013, p. 1213–1218 (DOI 10.1038/nmeth.2688)
2. Jason D. Buenrostro, Beijing Wu, Howard Y. Chang et William J. Greenleaf, « ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide », Current Protocols in Molecular Biology,‎ janvier 2015 (DOI 10.1002/0471142727.mb2129s109)

Liens externes

• ATAC-seq probes open-chromatin state (figure)
• ATAC-seq: Fast and sensitive epigenomic profiling
• Too good to be true?! What can Nextera do for you?