Il est l’auteur en 1995 de Bordeaux port négrier, un livre de référence sur la traite négrière à Bordeaux[2] (réédité en 2002). Le journaliste François Dufay indique que le premier historien à travailler sur le sujet de la traite négrière à Bordeaux est Éric Saugera. Aucun historien bordelais n'avait jusque-là travaillé sur le sujet[3]. L'historienne Florence Gauthier considère qu'Éric Saugera a établi une précieuse synthèse de la traite négrière en précisant sa part dans le négoce bordelais de l'époque[2].
2018 - Bordeaux et la traire des noirs, Geste éditions, Collection Tout comprendre, 2018, 56 p.[4]
2012 - La Bonne-Mère, navire négrier nantais (1802-1815), Éditions les Anneaux de la Mémoire, Nantes, 2012, 196 p. (ISBN9782913921030).
2011 - (en) Reborn in America ? French Exiles and Refugees in the United States and the Vine and Olive Adventure, 1815-1865 (traduit du français de la thèse d'Eric Saugera par Madeleine Velguth ; notice bibliographique), Tuscaloosa, The University of Alabama Press, , 572 p. (ISBN978-0-8173-1723-2, présentation en ligne)[1]
2002 - Bordeaux, port négrier : chronologie, économie, idéologie ; XVIIe – XIXe siècles (nouvelle édition revue et complétée), Paris, Karthala, , 382 p. (ISBN978-2-86537-584-4, lire en ligne) ; (voir le compte-rendu de lecture de Florence Gauthier[2])
↑L'Histoire, Bordeaux-Nantes, ou la mémoire honteuse de l'esclavage, François Dufay, 25 août 2012 « Mais, depuis quelques années, les métropoles de l'Ouest sont rattrapées par ce passé peu reluisant. A Bordeaux, en 1995, un historien - nantais ! -, Éric Saugera, soulève le couvercle, avec son livre Bordeaux port négrier éd. Karthala. Aucun historien girondin n'avait jusque-là daigné s'intéresser à cette face sombre de l'histoire du « port de la lune ». »