Atteint de surdité, il renonce à la prêtrise et à l'enseignement et devient collaborateur à la bibliothèque municipale de Metz, puis rédacteur en chef du journal catholique pro-français le Courrier de Metz en 1910[1]. Il est déporté par les Allemands en 1914 et est emprisonné pendant 21 mois à la forteresse d'Ehrenbreitstein[2],[1]. À sa sortie, il est correcteur d'imprimerie à Paderborn (en résidence surveillée) puis secrétaire à l'office de recherche des disparus[1].
Lorsqu'il rentre à Metz en décembre 1918, il est nommé bibliothécaire adjoint de la bibliothèque municipale[1]. Son activité de bibliothécaire se concentre notamment sur l'amélioration des catalogues[4]. Il devient aussi membre de l'Académie de Metz et de la Société d'histoire naturelle de la Moselle.
Ses livres et articles concernent l'histoire locale, religieuse et littéraire, le folklore, l'histoire des sociétés savantes et les sciences naturelles, dont la médecine, la pharmacie, la botanique et la zoologie[1],[2]. Ils portent aussi sur les reliures, sur la typographie et sur l'imprimerie. En particulier, Élie Fleur laisse des travaux sur la naissance de l'imprimerie à Metz[1].
Les Cahiers Élie Fleur publiés par la bibliothèque de la Ville de Metz en 1990 font la liste de ses rares essais de littérature : Promenades d'un flâneur naturaliste, La Revanche du Petit Poucet[1]… Son Essai sur la vie et les œuvres d'Henry-Charles du Cambout, duc de Coislin (1937) est récompensé par le prix Auguste Prost de l'Académie des inscriptions et belles-lettres[1].
Il rédige les Tables des Mémoires de l'Académie de Metz[2], en deux volumes : 1819-1903 et 1904-1930[1].
Ses très nombreux écrits, articles, opuscules et monographies se trouvent surtout dans les Cahiers lorrains et dans L'Austrasie, dont il a été collaborateur[1], ainsi que dans le Pays lorrain, dans les Mémoires de l'Académie de Metz et dans le Bulletin de la Société d'Histoire Naturelle de la Moselle[1] :
Les Français à Metz en 1552. Un crime allemand : l'empoisonnement des intelligences dès l'école primaire, (BNF32111329)
Essai de biographie de François-Michel Chabert... 1829-1885..., Impr. Lorraine, (BNF32111327)
Paul d'Arbois de Jubainville, Dictionnaire biographique lorrain : Publié et augmenté par des auteurs de la Société Thierry Alix, Metz, Éditions Serpenoise, , 414 p. (ISBN2-87692-551-6, BNF39065359)..
Sous la direction d'Isabelle Antonutti, Figures de bibliothécaires, Presses de l'ENSSIB, 2020.
Les Cahiers lorrains : organe des sociétés littéraires et scientifiques de Metz et de la Moselle, 1er juillet 1957, p. 46.