Quedó huérfana de padre en 1563. En su infancia vivió con su madre y sus hermanos en Valladolid en casa de su abuela paterna María Manrique.
En su primera juventud, Luisa profesó como monja franciscana pero se vio obligada a renunciar a sus votos y contraer matrimonio con su tío Martín de Padilla y Manrique como así nos lo describe el padre Luis de la Puente:
se quedó en el siglo acompañando à su madre con voto de perpetua castidad, fue necesario que la obligassen à pedir dispensación de el voto, por justas causas que se ofrecieron, para casarle, y perpetuar su sucessión.
De este matrimonio tuvo varios hijos, entre ellos:
Juan de Padilla y Acuña, VI conde de Buendía y, después II conde de Santa Gadea, hasta su muerte sin sucesión en la Jornada de la Mahometa en 1606. De su fallecimiento nos da cuenta el cronista Cabrera de Córdoba (1997, p. 290): "la pérdida del Adelantado con la demás gente se ha sentido mucho; acá quedan los tres hermanos: el mayor es tenido por simple y de poca ó ninguna capacidad para sucederle; el segundo es de la Compañía de Jesús", por lo que "así verná a heredar el estado el tercero, llamado don Eugenio, menino de la Reina, muy cuerdo y de buen entendimiento".
Marco Antonio de Padilla Manrique, incapacitado, renunció a heredar el mayorazgo, en favor de su hermano Eugenio.
Eugenio de Padilla Manrique, III conde de Santa Gadea, que fallece en Dueñas el 1 de junio de 1622 sin dejar sucesión, mandándose enterrar en el monasterio premostratense de San Miguel en Villamayor de Treviño (Burgos). A su muerte se inicia un pleito de tenuta que se salda a favor de Cristóbal Gómez de Sandoval y Rojas, I duque de Uceda, quien había estado casado desde 1597 con la hermana de éstos, Mariana Manrique de Padilla y Acuña. Eugenio contrajo matrimonio con Luisa de Moncada y Aragón, hija de los príncipes de Paternó y duques de Montalto, quien tras enviudar ingresó en el convento carmelita de Palencia con el nombre de Luisa del Santísimo Sacramento, construyendo un pasadizo voladizo que conectaba con su palacio situado junto a dicho convento, donde falleció en 1629.
A la muerte de su marido de forma repentina y sin previo aviso, profesó como monja en las carmelitas descalzas de Talavera de la Reina el 23 de febrero de 1607 para,[3] al año siguiente, ser promovida a la dignidad de priora en el monasterio fundado por su consuegro el I duque de Lerma, Francisco de Sandoval, en esta villa burgalesa.
Murió en Lerma en 1614, siendo priora del convento.[4]
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