Sin embargo, pueden encontrarse referencias sobre la acción de Gobierno en materia de salud pública y bienestar social ya en el siglo XIX. Cuando a través del Real Decreto del 9 de noviembre de 1832 se creó en España el Ministerio de Fomento, se le atribuyeron competencias sobre «el ramo de sanidad con sus lazaretos, aguas y baños minerales» así como sobre los «establecimientos de caridad o de beneficencia».[2]
Las competencias estatales en este ámbito continuaron integradas en este Departamento hasta 1933, en que la Subsecretaría de Sanidad y Beneficencia se transfirió al Ministerio de Trabajo, que adoptó la denominación de Trabajo y Sanidad.[4] Finalmente, el 4 de noviembre de 1936, se creaba el Ministerio de Sanidad y Asistencia Social, ocupando la cartera una mujer por primera vez en la historia de España: Federica Montseny.[5] El Departamento tuvo corta duración. Con la llegada a la Presidencia del Gobierno de la República de Juan Negrín en sustitución de Francisco Largo Caballero, Sanidad y Asistencia Social desapareció, pasando sus competencias a Trabajo en virtud de un Decreto de 5 de julio de 1937. Tras la guerra civil española, las competencias sanitarias regresaron al Ministerio de la Gobernación hasta 1977.
El Departamento fue creado de nuevo por Real Decreto 1558/1977, de 4 de julio y comprendía también las competencias en materia de Seguridad Social. Contaba con dos Subsecretarías (la del Departamento y la de Salud), una Secretaría General Técnica y seis Direcciones Generales: Personal, Gestión y Financiación; Prestaciones; Servicios Sociales; Asistencia Sanitaria; Ordenación Farmacéutica y Salud Pública y Sanidad Veterinaria.
Entre febrero y noviembre de 1981, Sanidad quedó fusionada con Trabajo. Por Real Decreto 2823/1981, volvía a adquirir rango ministerial; perdió las competencias en materia de Seguridad Social (excepto el Indalud), en favor de Trabajo, que también retuvo la política social; a cambio se le adscribe el Instituto Nacional de Consumo (creado en 1975 y hasta entonces dependiente de Economía). Ya bajo los Gobiernos de Felipe González, se creó el Sistema Nacional de Salud, bajo Ernest Lluch y la Organización Nacional de Trasplantes.
La VII legislatura (segunda de José María Aznar) vio pasar esta cartera por las manos de Celia Villalobos, nombrada en 2000, que tuvo que lidiar con la famosa crisis del mal de las vacas locas, en 2002 Ana Pastor es nombrada para sustituirla al frente de este ministerio. La crisis de las vacas locas precipitó la creación, mediante Ley 11/2001, de la Agencia Española de Seguridad Alimentaria (denominada desde 2007 de Seguridad Alimentaria y Nutrición).
Durante el comienzo de la VIII legislaturaElena Salgado tomó esta cartera. En 2004 se transfirió desde el Ministerio del Interior, la estructura del Plan Nacional sobre Drogas. El 6 de julio de 2007, a ocho meses del final de la legislatura, el científico Bernat Soria tomó el relevo al frente del Departamento.
En la IX legislatura, Bernat Soria retomó el puesto y lo abandonó el 7 de abril de 2009 tras una modificación del gobierno, pasando el ministerio a manos de Trinidad Jiménez, que vio ampliadas sus competencias con la incorporación de Asuntos Sociales, incluido el Instituto de Mayores y Servicios Sociales. Esta materia anteriormente se había gestionado en el Ministerio de Trabajo (1981-1988), en su propio Departamento (1988-1996), de nuevo en Trabajo (1996-2008) y finalmente en Educación. El 20 de octubre de 2010 fue nombrada ministra Leire Pajín, incorporando el ministerio las funciones del Ministerio de Igualdad, que desaparecía, creándose la Secretaría de Estado de Igualdad dentro de Sanidad y asumiendo igualmente el Instituto de la Mujer y el Instituto de la Juventud. El Departamento pasa a denominarse Sanidad, Política Social e Igualdad.
Tras la moción de censura contra Mariano Rajoy de 2018 y la formación, por parte de Pedro Sánchez, de un nuevo ejecutivo en junio de 2018, el Ministerio pierde las competencias en materia de igualdad en favor del Ministerio de la Presidencia y pasa a denominarse Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social.[7] Carmen Montón es nombrada ministra y, en su corto mandato de apenas 3 meses, recupera la sanidad universal para los inmigrantes sin papeles[8] y recupera el Observatorio de Salud de la Mujer, que será finalmente desarrollado por su sucesora, María Luisa Carcedo. En la XIV Legislatura, pierde las competencias en materia de Asuntos Sociales y las de Consumo, en favor de sendos ministerios de nueva creación. Durante 2020, el Departamento se enfrenta e la mayor crisis sanitaria de los últimos cien años, con la pandemia de coronavirus.
Se aprueba la Ley de cohesión y calidad del Sistema Nacional de Salud. Como consecuencia del desastre del Prestige, se crea un Comité de Expertos para la evaluación en la salud de la exposición al fuel.[19]
Se aprueba la denominada Ley antitabaco, que restringe el consumo de tabaco en lugares cerrados y lo prohíbe en centros de trabajo.[20] Aprobación de la Ley 29/2006, de 26 de julio, de garantías y uso racional de los medicamentos y productos sanitarios. Crisis de la gripe aviar.[21]
Aprobación de la llamada segunda Ley antitabaco que prohíbe totalmente el consumo de tabaco en lugares cerrados. Se aprueba la Ley de Seguridad Alimetaria y Nutrición.[22] Aprobación de la Ley General de Salud Pública.