La aerolínea fue fundada y comenzó a operar en 1994 con la fusión de Zaire Airlines, Zaire Express y Congo Airlines. Tiene 1.100 empleados (a marzo de 2007).[1]
Toda la flota de Hewa Bora Airways se encuentra en la lista negra de la Unión Europea. El Lockheed TriStar 500 y el Boeing 767-200ER fueron los últimos aviones aceptados en Europa antes de las nuevas regulaciones de ruido. Hewa Bora Airways fue la última aerolínea con permiso para operar de la República Democrática del Congo a Europa.
Hewa Bora Airlines ha firmado un acuerdo de código compartido con Brussels Airlines para vuelos de Kinshasa a Bruselas, con vuelos operados por Brussels Airlines únicamente. Aunque Hewa Bora pretende relanzar los vuelos a Bruselas con un Boeing 767-200 alquilado. El vuelo ya puede ser reservado. Hewa Bora pretende volar dos veces a la semana a Bruselas y a París (CDG).
El 15 de abril de 2008, un DC-9 de Hewa Bora Airways se estrelló en Goma, Kivu del Norte cuando intentaba despegar. Hubo cuarenta y dos muertos y seis heridos. Las autoridades concluyeron que la mayoría de las muertes se debían a personas en tierra; tras sólo registrarse la muerte de un pasajero a bordo.[7]
El 21 de junio de 2010, el vuelo 601 de Hewa Bora Airways, operado por el McDonnell Douglas MD-82, 9Q-COQ, sufrió el incendio de una rueda durante el despegue del Aeropuerto Internacional de N'Djili. Los sistemas hidráulicos y los carenados del motor resultaron dañados y el tren de morro falló en su despliegue cuando el avión regresó a N'djili. Las 110 personas que viajaban a bordo resultaron ilesos. La aerolínea afirmó que el accidente se debió a las condiciones de la pista, pero los investigadores no encontraron ningún problema en esta.[8]
El 8 de julio de 2011, un avión Boeing 727 de pasajeros se estrelló durante su aterrizaje en medio de mal clima en el aeropuerto internacional de Kisangani en República Democrática del Congo y unas 127 personas murieron, informó el jefe la aerolínea congoleña Hewa Bora a Reuters por teléfono: "El piloto intentó aterrizar pero aparentemente ellos no tocaron la pista", sostuvo.
