Al menos desde la segunda mitad de la década de 1810 fue preceptor del príncipe Víctor de Metternich, hijo primogénito del entonces canciller del Imperio austríaco, Clemens.[2]
El edificio de la Cancillería en Viena, en que trabajó Ernst durante la mayor parte de su vida.
Posteriormente, pasó a trabajar a las órdenes de Clemens von Metternich en la Cancillería de Casa, Corte y Estado como jefe de la sección de Expediciones, con el rango de secretario aúlico.
En 1841 fue ennoblecido por Fernando I de Austria. Fue autor de algunos artículos sobre política, en la línea de Metternich.[3]Asimismo, en 1847, le fue dedicado un libro de viajes (Vogelperspektiven eines Wanderlustigen, en español, Vista de pájaro de un aficionado al senderismo) obra de August Schilling.[4]Con motivo de esta dedicatoria, fue descrito en la prensa vienesa de la época como
un estadista por cuya rara humanidad, unidad y alto nivel de rectitud ha logrado en nuestro país reconocimiento y respeto general.[5]
Durante la Revolución de 1848 en Austria que elevó al trono a Francisco José I y exilió al canciller Metternich, Niebauer no tuvo un comportamiento leal a este último, de acuerdo con los diarios de Melania tercera esposa de canciller.[6]
En 1856, de haber sido ennoblecido, fue elevado al rango de caballero (ritter).
Contrajo matrimonio con Marie Mozart, teniendo el matrimonio al menos tres hijos:
Antón, que sería elevado al rango de barón. Fue un importante hacendista y político al servicio de Francisco José I, siendo elevado por este último al rango de barón en 1892. Contrajo matrimonio con la baronesa Cecilia von Heyder.
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