Durante los últimos años de la dictadura de Miguel Primo de Rivera fue nombrado consejero de Instrucción Pública, cesó bajo el gabinete presidido por el general Berenguer, en 1930, al poco de ser nombrado ministro de Instrucción Pública el rector de la Universidad Central, Elías Tormo Monzó, y Manuel García Morente como subsecretario.
Volvió a intervenir Enrique Suñer en la palestra política indignado por los «sucesos de San Carlos» (25 de marzo de 1931), en los días previos a la proclamación de la República, al publicar un artículo titulado «La Puericultura de la Revolución» (El Debate de 27 de marzo, recogido en Los intelectuales..., págs. 149-152), que desencadenó una serie de ataques contra su persona. Hasta la Junta de la Facultad de Medicina y el Colegio de Médicos (inducido por Gregorio Marañón) intervinieron contra Suñer por haber escrito aquel artículo. Fue suspendido de empleo la cátedra.
El 24 de abril de 1931 cesó como Director de la Escuela Nacional de Puericultura, cargo en el que fue repuesto el 23 de abril de 1935 en cumplimiento de una Sentencia del Tribunal Supremo de 21 de febrero de 1935.[3]
Durante la guerra civil, fue presidente de la Real Academia Nacional de Medicina. Destacado por su antiintelectualismo reaccionario,[6] en Los intelectuales y la tragedia española (1937) culpó de los males de España a los intelectuales,[7] en un ejemplo de «interpretación paranoica y conspirativa de la historia».[8] Tomó posesión del cargo de presidente del Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas el 24 de febrero de 1939.[9] Fue sucedido en diciembre de 1940 por Wenceslao González Oliveros.[10]
En su obra Los intelectuales y la tragedia española consideró a los maestros, a los profesores y a los intelectuales como «los máximos responsables de tantos dolores y tantas desdichas» como autores de una «infernal labor antipatriótica que pretendía desarraigar del alma española la fe de Cristo y el amor a nuestras glorias nacionales».[2]
Portada del libro Los intelectuales y la Tragedia Española (1938).
Publicó numerosos trabajos de su especialidad médica:
Localización y funciones de los centros ópticos en el hombres. Madrid: Imp. de Ricardo Rojas, 1901.
Lecciones elementales de patología general. Madrid: Imprenta de Ricardo Rojas, 1902.
Fundamentos del tratamiento dietético en los nefríticos. Discurso de recepción en la Real Academia de Medicina de Valladolid. Valladolid: Imprenta y Librería Nacional y Extranjera de Andrés Martín, 1908.
Curso de medicina infantil. Madrid: Imprenta R. Álvarez, 1909.
Relaciones entre el CRUP y la bronco-pneumonía en los niños. Conferencia dada el sábado 18 de noviembre de 1916 en la Real Academia de Medicina de Madrid. Valladolid: Tipografía Cuesta, 1916.—¿Otra ed., Madrid, 1917?
Enfermedades de la infancia. Doctrina y clínica. Valladolid: : Talleres Tipográficos Cuesta, 1918, 3 vols.—2ª ed., Madrid: Calpe, 1921.
Apuntes sobre cuestiones éticas con algunas consideraciones de carácter biológico. Discurso de inauguración del curso 1919 a 1920. Universidad de Valladolid, 1919.
La salud del niño. Madrid: Ediciones Fax, 1920.
Notas médico-psicológicas sobre educación infantil. Discurso de ingreso en la Real Academia de Medicina. Contesta: D. Tomás Maestre. Madrid: Tip. Velasco, 1928.
La crianza del niño. Seis lecciones de puericultura dadas en el Centro de Cultura Femenina de San Sebastián en 1938. San Sebastián: Editorial Española, 1939.
La nutrición del lactante. Fisiología y Clínica. Medicina de la Infancia. Madrid: Sociedad Anónima Española de Traductores y Autores, 1941. (Hubo ediciones anteriores de los años 193x, de Ediciones Fax).
Otro tipo de publicaciones:
Fundamentos de la moral (Discurso de inauguración del curso 1919-20 de la Universidad Valladolid). Valladolid: Imp. Cuesta, 1920.
Prólogo al libro de Anselmo González: Nacimiento y evolución de la inteligencia. Formad el espíritu de vuestros hijos. Madrid: Aguilar, 1930.
Los intelectuales y la Tragedia Española. Burgos: Editorial Española, 1937. 2ª ed., San Sebastián: Editorial Española, 1938.[11]
Notas para el estudio de la personalidad de Ramón y Cajal. (Discurso de la sesión inaugural del curso 1941, Instituto de España). Madrid: Imp. Cosano, 1941.
↑«Enrique Suñer (1878-1941)». Guerra Civil Española dia a dia. 5 de marzo de 2013. Consultado el 16 de agosto de 2024.
↑ abCasanova, Julián (2015). «La dictadura que salió de la guerra». En Julián Casanova, ed. Cuarenta años con Franco. Barcelona: Crítica. p. 62. ISBN978-84-9892-791-7.
Santiago Carro García. Discurso necrológico del Excelentísimo Señor D. Enrique Suñer Ordóñez, leído en la solemne sesión celebrada por el Instituto de España, el 2 de julio de 1941. Madrid: Instituto de España; 1941. p.23.
María Consuelo Suñer. Estudio bio-bibliográfico del profesor Don Enrique Suñer (tesis doctoral inédita), presentada en la Facultad de Medicina de la Universidad de Madrid en 1957; 247 hojas.