Iglesia de Nuestra Señora del Rosario, la más antigua del mundo colonial, construida en 1495
El archipiélago de Cabo Verde fue descubierto a mediados del siglo XV y la presencia cristiana se consolidó con la progresiva colonización de las islas. La evangelización de los territorios ultramarinos de Portugal estaba encomendada a la Orden de Cristo, que gobernaba el archipiélago desde la sede de Tomar en Portugal. En realidad, los primeros misioneros que llegaron junto con los colonos en 1462 fueron dos franciscanos, los frailes Rogério y Jaime, a los que se unió un dominico en 1473, fray João.
Por las islas de Cabo Verde pasaban los barcos portugueses que transportaban esclavos africanos a Brasil y América del Norte; los misioneros se dirigieron a ellos y en 1514 y 1516 se publicaron las primeras normas relativas al bautismo que se confería a los esclavos en los barcos negreros.
La diócesis fue erigida el 31 de enero de 1533 con la bula Pro excellenti praeeminentia del papa Clemente VII separando territorio de la diócesis de Funchal, al mismo tiempo elevada al rango de sede metropolitana de las diócesis ultramarinas portuguesas y siendo Santiago de Cabo Verde su sufragánea.[1] Además de las islas del Cabo Verde, su jurisdicción sobre la costa africana se extendía desde el río Gambia hasta el cabo Palmas, en la actual frontera entre Liberia y Costa de Marfil.
3. Y a la misma Iglesia de Santiago, villa erigida en ciudad por la ciudad, y de Santiago sobredicho, y de Santo Antão, y de San Vicente, y de Santa Luzia, y de San Nicolás, y de Mayo, y Fogo, y las islas de Sal, Boa Vista y Brava, y una distancia de trescientas cincuenta leguas de tierra firme, comenzando desde el río Gambia, cerca del promontorio o lugar de Cabo Verde, y continuando hasta el promontorio o lugar llamado Cabo de Palmas, y el río de Santo Andrés dicho reino, y sus distritos y territorios para la diócesis, y sus moradores y habitantes para el clero y pueblo, para que en ellos esté el obispo de Santiago, que será por el momento, ejercerán la jurisdicción, autoridad y poder episcopal, y todo y cada cosa que cualesquiera otros obispos en Ellos pueden hacer lo que quieran en sus iglesias, ciudades y diócesis, y pueden hacerlo libre y legalmente;
Extracto traducido de la jurisdicción de la diócesis en la bula Pro excellenti praeeminentia
La diócesis de Cabo Verde también dependía originalmente de Funchal, hasta que el 3 de julio de 1551 se convirtió en sufragánea de la arquidiócesis de Lisboa (hoy patriarcado de Lisboa).
De los primeros obispos de Cabo Verde, pocos fueron los que establecieron su sede en las islas. El obispo Francisco de la Cruz fue el responsable de la construcción de la catedral en 1556. El seminario diocesano se estableció en 1570, pero duró poco, ya que se cerró en 1594. La construcción de un seminario y del palacio episcopal a fines del siglo XVIII fue obra del obispo Francisco de São Simão. El actual seminario de San José fue erigido en 1957 por el obispo José Filípe do Carmo Colaço.
El 4 de septiembre de 1940, tras el acuerdo misional que siguió al concordato entre la Santa Sede y Portugal, la diócesis perdió la jurisdicción sobre los territorios de la Guinea portuguesa continental, que eran de su competencia desde 1533, en donde se erigió una misión sui iuris, que pasó a ser posteriormente la diócesis de Bisáu.[2]
Luego de la independencia de Cabo Verde el 5 de julio de 1975, la diócesis de Cabo Verde fue separada de la provincia eclesiástica del patriarcado de Lisboa e inmediatamente sujeta a la Santa Sede mediante el decreto Quo facilius del 9 de enero de 1978.[3]