Es hijo de los investigadores también mayistasGeorge E. Stuart (Orden del Pop 2007) y Gene S. Stuart. Comenzó sus investigaciones sobre los jeroglíficos mayas cuando tenía 12 años, y desde muy joven trabajó conjuntamente con la epigrafista Linda Schele. Su primer trabajo en el desciframiento de los glifos mayas le permitió obtener una beca (MacArthur Fellowship) en 1984, a la edad de 18. Es el beneficiario más joven en toda la historia de esta prestación.
Sus publicaciones incluyen Ten Phonetic Syllables, (Diez Sílabas Fonéticas), 1987, el cual le valió para el trabajo de campo de la, ahora aceptada, metodología de desciframiento jeroglífico maya. En 2003 publicó un volumen de la serie Corpus of Maya Hieroglyphic Inscriptions, (Corpus de las Inscripciones Jeroglíficas Mayas del Museo Peabody de Arqueología y Etnología), dedicada a los dibujos y fotografías de las esculturas de Piedras Negras (Guatemala).
Su más reciente libro es Palenque: Eternal city of the Maya (Palenque: La Eterna Ciudad de los mayas, (Thames and Hudson), en co-autoría con su padre. Recientemente su investigación y contribuciones a los estudios mayas fueron mostrados en un documental premiado de PBS, llamado Cracking the Maya Code (Descrifrando el Códice Maya), (Night Fire Films, 2008).
Stuart es director del Centro Mesoamérica en la Universidad de Texas, en Austin, el cual promueve estudios multi-disciplinarios sobre el arte y cultura americana. Supervisa las actividades de la recién establecida Casa Herrera, el nuevo centro de investigación académica de la UT en Antigua, Guatemala, dedicado a los estudios de arte, arqueología y cultura mesoamericana.