Un total de 12 equipos —los 2 últimos clasificados del país del campeón vigente, y el último clasificado de cada uno de los restantes países— disputaron la primera fase, en la cual se establecieron seis llaves. Cada una tuvo a su respectivo ganador, que accedió a la segunda fase, a la que ya se encontraban clasificados los restantes 26 equipos, constituyéndose así ocho grupos de 4 equipos. Los dos primeros de cada zona pasaron a las fases finales, disputadas bajo el sistema de eliminación directa y compuestas por los octavos de final, los cuartos de final, las semifinales y la final, en la que se declaró al campeón.
Equipos que entran en esta fase
Equipos que provienen de la fase anterior
Primera fase
(12 equipos)
1 equipo de Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, México, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela
1 equipo extra del país del campeón vigente
Segunda fase
(32 equipos)
4 equipos de Argentina y Brasil
2 equipos de Bolivia, Chile, Colombia, Ecuador, México, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela
Mejor equipo ubicado en la tabla general de la fase regular del Torneo Apertura 2012 no participante de la Concacaf Liga Campeones 2012-13 2.º mejor equipo ubicado en la tabla general de la fase regular del Torneo Apertura 2012 no participante de la Concacaf Liga Campeones 2012-13 3.º mejor equipo ubicado en la tabla general de la fase regular del Torneo Apertura 2012 no participante de la Concacaf Liga Campeones 2012-13
Grupo 3: Durante el juego Atlético Mineiro 5:2 Arsenal, en el Estadio Independência.
Grupo 4:Estadio Centenario de Montevideo, durante el encuentro entre Peñarol y Vélez Sarsfield que acabó con triunfo de este último por 1:0.
Grupo 8: El Arena do Grêmio, antes de dar inicio al partido Grêmio 0:0 Fluminense.
Fases finales
A partir de aquí, los dieciséis equipos clasificados disputaron una serie de eliminatorias a ida y vuelta, hasta consagrar al campeón.
Las fases finales estuvieron compuestas por cuatro etapas: octavos, cuartos, semifinales y final. A los fines de establecer las llaves de la primera etapa, los dieciséis equipos fueron ordenados en dos tablas, una con los clasificados como primeros (numerados del 1 al 8 de acuerdo con su desempeño en la segunda fase, determinada según los criterios de clasificación), y otra con aquellos clasificados como segundos (numerados del 9 al 16, con el mismo criterio), enfrentándose en octavos de final el 1 con el 16, el 2 con el 15, el 3 con el 14, y así sucesivamente. Durante todo el desarrollo de las fases finales, el equipo que ostentara menor número de orden que su rival de turno ejerció la localía en el partido de vuelta. En caso de que dos equipos de un mismo país alcanzaran la ronda de semifinales, se debía alterar, de ser necesario, el orden de las llaves para que ambos se enfrentaran en la mencionada instancia, a fin de evitar que puedan cruzarse en la final.
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