Para esta edición, el sistema de juego fue igual al de la temporada 2023. Se mantuvo el formato de eliminación directa con llaves a partidos de ida y vuelta, las localías en cada fase fueron decididas mediante sorteo.[4]
La Fase I enfrentó a los ocho peores equipos de la reclasificación de la Primera B contra los ocho peores equipos de la reclasificación de la Primera A. En la Fase II, se enfrentaron los ocho ganadores de la Fase I contra los ocho mejores equipos de la reclasificación de la segunda categoría en 2023. En la Fase III, los ocho ganadores de la ronda anterior se enfrentaron entre ellos y los cuatro ganadores avanzaron a la Fase IV (octavos de final) para ser sorteados con los doce mejores equipos de la reclasificación de la primera división. Posteriormente se disputaron fases de eliminación directa a partir de cuartos de final hasta llegar a la gran final.
Equipos participantes
Estos fueron los equipos participantes para la edición de 2024 según el orden de aparición en el torneo.
Los emparejamientos de la Fase IV (Octavos de final), fueron definidos en un sorteo una vez finalizada la Fase III del torneo, donde los cuatro equipos ganadores de las llaves de la fase anterior se cruzaron con los otros doce clasificados (clubes clasificados a torneos internacionales más cuatro mejores de la reclasificación 2023). Los 16 equipos fueron ubicados en un único bolillero y se sorteó la localía del partido de ida por cada llave.
Nota: La localía de las llaves fue sorteada en todas las rondas. En cada llave, el equipo que ocupa la primera línea fue local en el partido de vuelta.
Partido programado originalmente para el 21 de octubre a las 19:00 horas pero aplazado por bloqueos viales que impidieron la llegada del equipo visitante a la ciudad de Tunja.[8] Aunque Independiente Medellín ganó el partido en cancha por un marcador de 1:4, la Comisión Disciplinaria del campeonato admitió una reclamación presentada por el Boyacá Chicó y sancionó al Independiente Medellín con pérdida del partido por «retirada o renuncia» y un marcador final de 3:0.[9][10]
El partido fue finalizado por falta de garantías al minuto 85 con el marcador 0:0 debido a incidentes en las tribunas del estadio por parte de aficionados del América de Cali, posteriormente la Comisión Disciplinaria del Campeonato decretó victoria de Atlético Nacional por 3:0.[11]
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