Die Instrumentalmusik Giovanni Gabrielis, mit einem Notenanhang z. T. erstmalig veröffentlichter Instrumentalkompositionen G. Gabrielis und seiner Zeitgenossen (Münchner Veröffentlichungen zur Musikgeschichte. Vol. 8). Schneider, Tutzing 1963 (überarbeitete und erweiterte Dissertation, Universität München, 1960/61).
Don Giovanni vor Mozart. Die Tradition der Don-Giovanni-Opern im italienischen Buffa-Theater des 18. Jahrhunderts (= Münchener Universitäts-Schriften. Reihe der philosophischen Fakultät. Vol. 10). Fink, Munich 1972.
Der Kunstbegriff Richard Wagners. Voraussetzungen und Folgerungen. (Arbeitsgemeinschaft 100 Jahre Bayreuther Festspiele Bd. 1), Gustav Bosse Verlag [de], Regensburg 1983, ISBN3-7649-2058-0.
Mozarts Opern. Reclam, Stuttgart 1984, ISBN3-15-010326-6; italienische Ausgabe: Il teatro di Mozart. Dalla Finta semplice al Flauto magico. Marsilio, Venezia 1990, ISBN88-317-5362-2; spanische Ausgabe: Las Operas de Mozart. Alianza Editorial, Madrid 1990, ISBN84-206-8548-8.
Die Antike in der Musik des 20. Jahrhunderts. Buchner, Bamberg 1987, ISBN3-7661-5456-7.
Die Sinfonie im 18. Jahrhundert. Von der Opernsinfonie zur Konzertsinfonie (Handbuch der musikalischen Gattungen. Bd. 1). Laaber-Verlag, Laaber 1993, ISBN3-89007-125-2.
De musica. Ausgewählte Aufsätze und Vorträge. In collaboration with Erika Kunze-Götte, published by Rudolf Bockholdt. Schneider, Tutzing 1998, ISBN3-7952-0899-8.
Bibliography
Möglichkeiten und Grenzen der musikalischen Werkanalyse. Gedenkschrift Stefan Kunze (1933–1992) (Schweizer Jahrbuch für Musikwissenschaft. Neue Folge, Vol. 15). Herausgegeben von der Schweizerischen Musikforschenden Gesellschaft. Haupt, Bern/Stuttgart/Wien 1996, ISBN3-258-05205-0, (Schriftenverzeichnis)