An der Stelle der Kapelle befand sich die romanische Peter-und-Paul-Kapelle aus der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts. Anlass für den Abriss der alten und den Bau der neuen Kapelle war der Tod der Königin Anna Habsburg 1598. König Sigismund III. Vasa beschloss, sie nach dem Vorbild Sigismund I. des Alten in einem Mausoleum seiner Dynastie an der Wawel-Kathedrale zu bestatten. Die Krypta unterhalb der Kapelle war bereits 1644 fertiggestellt, die Peter-und-Paul-Kapelle wurde jedoch erst 1664 abgerissen. Der Neubau der Kapelle unter Jan Chryzostom Bodzanta war 1681 abgeschlossen. An den Seiten der Kuppel wurden die Figuren der Heiligen Ladislaus und Sigismund angebracht.
Krypta
In der Krypta unterhalb der Kapelle befinden sich heute sechs Sarkophage: