In der Zeit seiner wissenschaftlichen Tätigkeit und auch nach seiner Emeritierung als Universitätsprofessor am 1. Oktober 2001 (siehe Abschnitt Wissenschaftliche Tätigkeit) wirkte Zsifkovits als Seelsorger in unterschiedlichsten Bereichen der Steiermark, des Burgenlandes und Wiens, u. a. als Seelsorger der Guten Hirtinnen oder als Priester-Vertreter in diversen Pfarren.
Zsifkovits war von 18. Dezember 1973 bis 30. September 2001 Inhaber des Lehrstuhles für Ethik und Gesellschaftslehre an der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Graz, die er von 1981 bis 1983 als Dekan leitete.[7] Seine Forschungsschwerpunkte waren die Beurteilung gesellschaftlicher Phänomene und Entwicklungen aus der Sicht christlicher Sozialethik, Friedensethik, politische Ethik, Wirtschaftsethik und medizinische Ethik.
In seinem Fachgebiet war er weit über die Grenzen Österreichs hinaus als Referent bzw. Autor von Monografien und zahlreichen Beiträgen in Sammelbänden, Lexika und Fachzeitschriften bekannt. Einen bedeutenden Namen machte er sich u. a. als Mitherausgeber einer Reihe von Büchern. Dabei ist v. a. seine führende Rolle bei der Erstellung des Katholischen Soziallexikons (1980) zu nennen.
Zsifkovits’ Nachfolger am Lehrstuhl für Ethik und Gesellschaftslehre der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Graz ist seit 2003 sein früherer Assistent Leopold Neuhold.
„Valentin Zsifkovits war ein in verschiedenen gesellschaftlichen Schichten und Bereichen geachteter und beachteter Vertreter der christlichen Soziallehre. Mit Selbstbewusstsein, aber auch in Ausrichtung auf die und Achtung der Eigengesetzlichkeiten der jeweiligen Kulturbereiche machte er in Lehre und Forschung die Soziallehre zu einem wesentlichen Orientierungspunkt für eine Gesellschaft, die der Orientierung bedarf. ... Als Lehrer und Forscher legte er großen Wert auf Argumente und realistische Vorgehensweise, er bemühte sich um Bezugssetzung von Realismus und Leidenschaft. Scharf in der Argumentation und umfassend in seiner Bezugnahme mutete er seinen Hörern und Lesern eigenes Denken zu und setzte so Wissenschaft in den Dienst am Menschen, in einer erfahrungsbezogenen Ethik.“
– Leopold Neuhold in einem Nachruf über seinen Lehrer und Vorgänger Valentin Zsifkovits.[8]
Der Staatsgedanke nach Paulus in Röm 13,1–7. Mit besonderer Berücksichtigung der Umwelt und der patristischen Auslegung (= Wiener Beiträge zur Theologie. Band 8). Herder, Wien 1964, OCLC492621025 (zugleich Dissertation, Wien 1963).
Der Friede als Wert. Zur Wertproblematik der Friedensforschung (= Hanns Seidel Stiftung. Berichte & Studien. Band 3). Olzog, München/Wien 1973, ISBN 3-7892-7067-9 (zugleich Habilitationsschrift, Wien 1973).
als Herausgeber mit Alfred Klose und Wolfgang Mantl: Katholisches Soziallexikon, 2. gänzl überarb. Aufl. (1. Aufl.: 1964), Tyrolia, Innsbruck, Wien (u. a.) 1980, ISBN 3-222-11300-9.
Ethik des Friedens (= Soziale Perspektiven. Band 1). Veritas, Linz 1987, ISBN 3-85329-607-6.
Politik ohne Moral? (= Soziale Perspektiven. Band 6). Veritas, Linz 1989, ISBN 3-85329-773-0.
als Herausgeber: Religion – Krieg – Friede. Friedensfördernde und friedenshemmende Faktoren in verschiedenen Religionen (= Schriften zur Friedens- und Konfliktforschung. Band 3). VWGÖ, Wien 1991, ISBN 3-85369-843-3.
Asylpolitik mit Herz und Vernunft. Zu einer aktuellen Problematik (= Soziale Perspektiven. Band 8). Pustet, Regensburg 1993, ISBN 3-7917-1395-7.
Wirtschaft ohne Moral?. Tyrolia-Verlag, Innsbruck/Wien 1994, ISBN 3-7022-1929-3.
Demokratie braucht Werte. (= Zeitdiagnosen. Band 2). LIT-Verlag, Münster 1998, ISBN 3-8258-3710-6.
