Die (ältere) Universität Saga wurde 1949 durch den Zusammenschluss der drei staatlichen Schulen gegründet. Die drei waren:
die Oberschule Saga (佐賀高等学校, Saga kōtō gakkō, gegründet 1920),
die Normalschule Saga (佐賀師範学校, Saga shihan gakkō, gegründet 1884), und
die Jugend-Normalschule Saga (佐賀青年師範学校, Saga seinen shihan gakkō, gegründet 1925).
Die Universität hat seit Gründung den ehemaligen Sitz der Oberschule Saga als Hauptcampus (Honjō-Campus) genutzt. Sie wurde mit zwei Fakultäten eröffnet: (a) Geistes- und Naturwissenschaften sowie (b) Pädagogik. Die Fakultät für Geistes- und Naturwissenschaften wurde in vier Fakultäten geteilt: Agrarwissenschaft (1955), Wirtschaftswissenschaften (1966), Natur- und Ingenieurwissenschaften (1966), und Liberal Arts (1966). 1996 wurden die Fakultäten für Pädagogik und Liberal Arts zu einer Fakultät zusammengelegt: Fakultät für Kulturwissenschaften und Pädagogik.
2003 wurde die (ältere) Universität Saga mit der Medizinischen Universität Saga (佐賀医科大学, Saga ika daigaku, gegründet 1976) zur neuen Universität Saga zusammengelegt.
