Nach dem Tod seines Vorgängers Francis Burt, der nur zwei Tage amtiert hatte, wurde Cuming bis 1855 neuer Gouverneur dieses Gebietes und beschloss, dass Omaha den Vorzug vor Bellevue als Hauptstadt erhalten sollte. Das führte zu langen Streitereien zwischen den beiden Städten, die sich noch bis über Cumings Tod hinaus erstrecken sollten. Mit der Ankunft des neuen Gouverneurs Mark Whitaker Izard wurde Cuming wieder Staatssekretär, aber nach Izards Rücktritt im Jahr 1857 musste er noch einmal als Territorialgouverneur amtieren. In diesem Amt verstarb er im März 1858 im Alter von nur 30 Jahren.