Mehrere bis heute vorhandene Elemente der Kirchenausstattung entstanden 1939. Dazu gehören die Kreuzweg-Bilder von Carl Roesch, das Glasgemälde von Otto Staiger (das den Namenspatron St. Stephanus in drei Szenen darstellt), zwei Holzstatuen der Gottesmutter Maria und des heiligen Josef von Alfons Magg, die Heiliggeisttaube und Einlegearbeiten auf dem Taufstein von Willy Stadler. In der Taufkapelle befindet sich ein Glasgemälde von Yoki (1995).
1940 wurde eine Orgel von Orgelbau Kuhn mit 36 Registern (Taschenladen mit elektropneumatischerSpiel- und Registertraktur) auf drei Manualen und Pedal eingeweiht.[4] Der Prospekt wurde vom Kirchenarchitekten Paul Büchi entworfen. 1966 wurde das Instrument durch die Erbauerfirma auf 42 Register erweitert[5] und 1986 ausgereinigt. 2005 baute Mathis Orgelbau (Näfels) einen neuen elektrischen dreimanualigen Spieltisch. Ab 2012 wurde die Orgel durch Thomas Gaida (Wemmetsweiler) schrittweise umgebaut und erweitert (Einbau von Einzeltonsteuerungen für mehrere Register und Rückführung von Registern auf den Stand von 1940). 2024 erhielt das Instrument einen zusätzlichen elektrischen viermanualigen Spieltisch von Gaida im Kirchenschiff. Die Orgel verfügt aktuell über 44 Register, davon sind acht Register (A1 bis A8)[A 1] mit Einzeltonsteuerung ausgestattet. Die Disposition lautet am Spieltisch im Kirchenschiff:[6]
Koppeln: Alle Normal-, Sub- und Superoktavkoppeln. Melodiekoppeln in allen Manualen.
Spielhilfen: Setzeranlage, Sequenzer vor und zurück. Zwei Crescendi (programmierbar). Emporen-Spieltisch: Zwei Balanciertritte für Registercrescendo und Schwellwerk; Pedalteilung; Pistons: Crescendo, Registerfessel, Tutti, Sostenuto, Sequenzer vor und zurück. Spieltisch Kirchenschiff (2024 erbaut): Vier Schwelltritte (Crescendo, SW Ambo, SW Tab, SW Hauptorgel); Pistons: Crescendo an, Zungen ab, Registerfessel, Sostenuto und Pizzicato (separat für alle Teilwerke), Sforzando, Sequenzer vor und zurück, Transposer (werkweise einstellbar, in Halbtonschritten auf- und abwärts), Bluetooth (Tablet) vor und zurück.
Anmerkungen
↑Auxiliarregister:
A1: Bourdon 16’ + 8’ + 4’, hohe Lage 2024 ergänzt, überblasend; 32’ als Quintschaltung (85 Pfeifen, Schwellwerk).
A2: Principal major 8’ (56 Pfeifen, Solo), C bis H des 16’ stammt aus dem Pedal (A8); 130 mm WS, Gaida 2012.
A3: Gemshorn 8’ + 4’, ab gis3 2024 ergänzt, C-H im 16' aus A1 (73 Pfeifen, Hauptwerk).
A4: Cromorne 8’ (56 Pfeifen, Schwellwerk).
A5: Flauto di Concerto 8’ + 4’ (68 Pfeifen, Solowerk), 130 mm WS, Gaida 2012.
A6: Bombarde 32’ (C-H Gaida 2012) + 16’, im Manual ab c1 aus A7; im 8’ ab c0 aus A7 (42 Pfeifen, Pedal).
A7: York Trumpet 4’ (56 Pfeifen, Solo), aus dem alten Registerbestand der großen Orgel im York Minster, Großbritannien; 160 mm WS, Gaida 2019.
A8: Principal 16’ (30 Pfeifen, Pedal).
↑Aus Principal 16′ (A8) und Quintschaltung (=102⁄3′) von Bourdon 16′ (A1). Gaida 2012.
↑Eigentlich 102⁄3′, Gruppenzug mit Subbass 16′. Gaida 2012.
Glocken
Die fünf Glocken wurden 1938 von der Glockengiesserei Rüetschi (Aarau) gegossen; am 19. November 1938 fand die Glockenweihe statt. Die Glocken von St. Stefan sind auf das Geläute der benachbarten evangelischen Kirche Amriswil-Sommeri abgestimmt.[7]