Saint-Symphorien-de-Marmagne liegt etwa zwölf Kilometer südsüdöstlich von Autun und etwa 40 Kilometer westnordwestlich von Chalon-sur-Saône am Mesvrin. An der Grenze zur Nachbargemeinde Broye mündet der Rançon in den Mesvrin. Umgeben wird Saint-Symphorien-de-Marmagne von den Nachbargemeinden Broye im Norden, Marmagne im Osten, Charmoy im Süden, Uchon im Südwesten, La Chapelle-sous-Uchon im Westen sowie Mesvres im Nordwesten.