Die Primera Divisió 1999/2000 war die 5. Spielzeit in der Geschichte der andorranischen Fußballliga. Die Saison startete am 19. September 1999 und endete am 29. Mai 2000. Der CE Benito meldete seine Mannschaft nach sieben Spielen vom Spielbetrieb ab und standen damit als einziger Absteiger fest.