Das Museum befindet sich im ehemaligen Jesuiten-Noviziat San Ignazio im Universitätsviertel (Via Belle Arti 56). Im selben Gebäude befindet sich die Akademie der Schönen Künste (Accademia di belle arti di Bologna), deren Vorgängerin die Accademia Clementina war. Eine erste Schenkung erhielt die Sammlung 1762 von Francesco Zambeccari. Im Zuge zahlreicher Kirchen- und Klosterauflösungen zwischen 1797 und 1810 wurde der Bestand erweitert, weitere Auflösungen brachten 1866 einen erneuten Zuwachs.[1]
Gian Piero Cammarota: Le origini della Pinacoteca nazionale di Bologna. Una raccolta di fonti (= Pinacoteca nazionale di Bologna. Fonti e Studi. Band 1–3). 3 Bände. Minerva, Bologna 1997–2004.
Band 1: 1797–1815. Bologna 1997.
Band 2: Dalla rifondazione all'autonomia, 1815–1907. Bologna 2004, ISBN 88-7381-113-2.
Band 3: La Collezione Zambeccari. Bologna 2000.
Andrea Emiliani (Hrsg.): L'Opera dell'Accademia Clementina per il patrimonio artistico e la formazione della Pinacoteca Nazionale di Bologna (= Accademia Clementina. Atti e Memorie. Band 10, ZDB-ID 1089011-7). s. n., Bologna 1971.
Andrea Emiliani: La Pinacoteca Nazionale di Bologna. Electa, Mailand 1997, ISBN 88-7779-510-7.